Membre du B.P.R.D., Abe Sapien a vécu de nombreuses aventures aux côtés d'Hellboy et de ses autres compagnons. Il poursuit ses aventures en solo, avec – en arrière-plan – les événements se déroulant dans B.P.R.D. L'Enfer sur Terre.
Alors qu'il enquêtait au Texas pour le compte du B.P.R.D., à la suite de l'invasion de monstres qui risquent de détruire l'humanité, Abe se fait tirer dessus par la jeune télépathe Fenix. Il tombe alors dans le coma, puis se réveille après avoir subi une étrange mutation. Il quitte le B.P.R.D., et s'enfuit, bien décidé à prouver qu'il n'est pour rien dans ce qui menace l'humanité...
Fin XIXe. Au large de l'île de Saint- Sébastien, Edward Grey, agent spécial au service de la Couronne, terrassait le maléfique Epke Vrooman. Un siècle plus tard, Abe Sapien, nouvelle recrue du B.P.R.D., est envoyé sur place afin de récupérer la dépouille immergée du sorcier ainsi que la dague antique qui permit à Grey d'occire Vrooman. Mais à Saint-Sébastien, un étrange culte est à l'oeuvre...
Abe est accusé d'être à l'origine de l'extinction de la race humaine qui se profile. Il plonge dans le Gulf Stream, d'où semblent venir les monstres qui infestent la Terre, faisant fuir la population des grandes villes. Il trouve refuge auprès d'une communauté mexicaine et tente de s'accrocher à ce qu'il lui reste d'humanité, surcette Terre où les créatures monstrueuses déambulent et où les morts marchent...